بدأ التصوير في شهر ماي 2008 وتم البث اول حلقة في شهر 1 سبتمبر 2008 ومدتها ساعتين ويتم فيها قتل جيمس ويسلر من قبل الكومباني. عندما عرف مايكل أن غريتشن وويسلير في مبنى ذهب مايكل وقابل غريتشن لينتقم منها لأنها قتلت صديقته سارة لكن غريتشين أعترفت انها لم تقتل سارة وأنها هربت . ذهب مايكل وتحدث مع صديق والد سارة  (بروس)فأخبره انها عنده فذهب  مايكل ورآها بدهشة. تدور أحداث الموسم في لوس انجلوس حيث يسعى مايكل سكوفيلد بعد أن اقنعه عميل وكالة الامن القومي ان يقوم بمحاولة الحصول على (سيلا) وهي عبارة عن بطاقه تحتوي جميع المعلومات عن الشركة التي تسعى لقتل مايكل ولينكون يتضح في الحلقة الثالثة من الموسم ان سيلا هي عبارة عن ست قطع ويجب على الاخوين ان يحلصوا عليها جميعا ليستطيعوا قراءة ما في داخلها من معلومات حول الكومباني ويكتشفون بمرور الزمن أن الست قطع هي مفاتيح لسيلا وسيلا تحتوي على أسماء وسجلات.

يساعد مايكل اخاه لنكولن وسوكري واليكس ماهون وبراد بيليك بالإضافة إلى عودة سارة تانكريدي وظهور والدة مايكل ولينكون كريستينا سكولفيد وهي كانت تعمل مع الكومباني ثم كما يتضح من الأحداث أن كريستينا سكوفيلد (والدة مايكل) انقلبت لتسيطر على الكومباني ويتضح من متابعة المسلسل ان لينك ليس أخو مايكل ولكن والد مايكل تبناه بعد مقتل والده ووالدته في إحدى عمليات تابعة للشركة وسارة اتضح انها حامل من مايكل وهو لا يعلم وكانت هناك محاولة لقتل الجنرال تحت اشراف كريستينا لكنه ينجو ويتم اختطاف سارة من قبل الجنرال واختطاف لينكون من قبل كريستينا وأطلقت رصاصة على رئته لكى يموت ببطئ وجميعهم يساومون مايكل على سيلا وبعبقرية ينجح مايكل في الحصول على سارة ولينكون وسيلا وهنا يظهر سوكرى وكيلرمان والذي احضر عضو من الأمم المتحدة واخذوا سيلا وام تبرئة الجميع (مايكل - بروزو - اليكس ماهون - سوكرى) وتم ارجاع تى-باج إلى السجن مرة أخرى بناء على رغبة السابقين, ما عدا سارة التي سجنت إلا أن مايكل تمكن من تهريبها في نهاية الامر مضحيا بحياته في سبيل ذلك, وفي النهاية عاش الجميع في سعادة.